哈佛大学位于剑桥市的主校区下设10个学术单元以及1个高等研究院，其中本科生教育主体由哈佛学院承担，这11个学术单元分别为：
哈佛学院（Harvard College）
文理研究生院（Graduate School of Arts and Sciences）
哈佛继续教育学院（Harvard Extension School）
哈佛设计学院（Harvard Design School）
哈佛神学院（Harvard Divinity School）
哈佛教育学院（Harvard Graduate School of Education）
哈佛法学院（Harvard Law School）
哈佛大学肯尼迪政治学院（Harvard Kennedy School）
哈佛工程与应用科学院（Harvard John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences）
拉德克利夫高等研究学院（Radcliffe Institute for Advanced Study）
哈佛文理博物馆（Harvard Art and Science Museums）
此外，哈佛大学的Allston Campus以及Longwood Campus还设有以下4个学术单元，全校总共设有46个本科专业、134个研究生专业：
哈佛商学院（Harvard Business School）
牙医学院（Harvard Dental School）
哈佛医学院（Harvard Medical School）
哈佛大学公共卫生学院（Harvard T.H. Chan School of Public Health）
